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随着时间的推移，越来越多的宣传和证据，使本土的人们了解了吕宋，相信了移民的前景。从嘉靖末年开始的移民工程，在经过十年的艰苦开拓后，终于随着越来越多的国人，在此安家立业，度过了最初的举步维艰，踏入飞速增长的阶段，截至万历八年末，在吕宋总督府登记造册的移民数量，已经达到了九十八万七千四百三十七人，而且还会以每年近五万人的数量递增。加上第二代的出生，最乐观的估计，三年以后，吕宋岛上每年会增长十万人口，而且还会连年递增，最终在二十年内达到千万。

这无形中解决了一个困扰所有殖民地难题，那就是劳动者的紧缺——在肥沃的土地，没有辛勤的付出，也换不来一粒收成。尤其是像种植甘蔗、烟草和水稻，都是劳动力密集型作物，如果没有大量的人手，就不会有大面积的种植可言。欧洲国家在殖民地，是用黑奴和土著奴工来解决的，这样显然效率低下，而且有伤天和，对于以仁爱为精神内核的大明人来说，是无法接受，也无法普及的。

好在自身庞大的人口数量，足以提供殖民地所需的劳动力。随着移居吕宋的人口增加，华人本身的劳动力，已经取代黑奴和土著，成为建设开发的主力——除了危险的工矿业之外。

随着移民吕宋的热潮高涨，问题也随之出现——每个人都希望占到面积尽可能大，地理位置尽可能优越的荒地，然而这样的荒地显然是稀缺资源，于是争斗不可避免发生了。尤其是后来的移民，往往是动辄一二百口的举族而迁，而早期的移民大都是一家一家、甚至只身而来。先来的先到先得，占到最好最大的土地，像陈老栓家，仅仅八口人，就拥有五千多亩耕地。这显然会引起后来者的眼红，于是发生了新移民驱逐旧移民，将其庄园据为己有的案件，而且愈演愈烈，最终引发了万历元年的移民大骚乱。

好在当时的人口还不算很多，又有郑若曾和沈京这两位干吏坐镇，他们迅速调集军队，平息了叛乱，并施以雷霆手段，处死了所有杀人强奸者，并将参与抢劫者流放棉兰老岛，在那里，对华人满怀仇恨的土著居民会好好的招待他们。

反思这次骚乱，两人一致认为，现行的先到先得的土地政策，已经不适应人口激增的速度，在经过一番讨论，并报经北京的沈默同意后，两人宣布了三条法规，这也被视为日后吕宋能良性发展，充满希望的关键所在：

第一，私有财产神圣不可侵犯，任何已经在官府登记造册过的田产住宅，都得到东南总督府的保护，任何敢于侵犯他人财产者，都将遭到重刑处罚。

第二，自法规颁行之日起，原先的土地规定作废，所有无主土地由总督府统一分配，任何个人不得私自开垦。

第三，所有未分配土地的移民，必须服从总督府的统一安排，否则视同放弃土地权利。

三条法规颁行，自然引起新移民的不满，许多人甚至扬言要回去，对此总督府宣布来去自由。但移民们本就是在国内活不下去了，才千辛万苦地抵达了这里，怎会在希望彻底破裂前放弃呢？所以最后真回去的寥寥无几。

将分配土地的权力收回只是第一步，更大的考验是如何分好蛋糕，并且杜绝狭隘宗族观念的毒瘤。沈京采取了双管齐下，首先通过大量的清丈调研，尽可能将待垦土地均衡划分成一个个大农场……对于地理位置稍差的，在面积上多做补偿，尽量做到每一个农场大差不差。然而每个农场分配一千丁口，每个丁口均分农场的土地，这样大约三四百个家庭，便被分配到一个农场中。

农场的土地归所有家庭集体所有，每个家庭都会按照丁口，得到一定比例的土地。对于名下的土地，个人可以永久耕种，但没有买卖的权力，只能以出租的形势在农场内部流转。如果要外租或者出售的话，需要得到农庄集体同意。

同时，在以家庭为单位分配土地的过程中，特意将那些举族来迁的大宗族分得天南地北，使其不能抱团欺压旁人。他还十分注意每个农场中移民的原籍地，尽可能使来自的各省的人们混居，消除地域观念。

打散原先组织的同时，必须要建立起新的组织机构，否则必会沦为一盘散沙，农庄也就没有存在的意义。沈京按照沈默的指使，在农庄施行村长选举制。任何有志成为村长的成年村民，都可以参加竞选，通过两轮普选胜出者，将在接下来三年担任村长。

村长有权处理村民间的纠纷，决定来年的耕种计划，代表村子与南洋公司谈判，协调生产经营，分配剩余利润等等，权力很大。但十名以上村民便可以提出对村长的罢免，过半数同意便可罢免成功，并重新召开选举。