在奏章中，林纯鸿首先回顾了北上剿匪的辉煌经历，大肆夸耀战功，并极言荆州、夷陵为了供给前线将士作战，生活每况愈下，惨不忍睹，同时向朱由检大表忠心，声称自己为了剿匪，食不安寝、睡不安眠，如此这般，方才连战连胜。

紧接着，林纯鸿竭力否认擅自开府建衙一事，声称自己为了供应前线将士，不得已组织商号博取利润，一切都是为了剿匪。商号也需要管理、安防及监督，之所以有中书府、都督府及监察府之传闻，乃伙计妄称之罪。林纯鸿保证，将克期整顿，若伙计有逾越之罪，定惩不饶！

至于江匪劫掠一事，林纯鸿声称，并非受他指使，乃属下为财利所惑，临时起意，方才出现此类事。林纯鸿表示，将严厉处罚属下，给受损的商旅一个交待。

林纯鸿还辩称，以荆州左卫、大田千户所为名制造武器，乃迫不得已。卫所制度崩坏已久，所造武器甲装根本不堪用，荆州军将士极度缺乏武器甲装，不得已，方才另起炉灶，为荆州军自配武器甲装。

对于逼迫监视地方官僚一事，林纯鸿声称，地方官僚专注贪腐、唯务党争，致使前线将士供应不及，导致许多绝佳战机白白错过。为了提高地方官僚的效率，不得已派出弓兵在荆州、夷陵征集人力和粮食，“越厨代庖，实非臣愿，乃为地方官吏推诿所逼”。

林纯鸿还声称，为朝廷计、为生民计，在荆州、夷陵、荆门实施了土地赎买之策，降低租税，鼓励种植，“臣观荆州、荆门、夷陵三地，无一寇入境，无一民投匪，皆此策之功也”。

总之，林纯鸿一条条辩解，一条条驳斥，一条条否认，字字泣血，声声是泪，大打心理派、感情牌，试图抓住朱由检的心。

除此之外，林纯鸿花大量篇幅介绍了自己铸造银币和铜币一事，并为此而感到自豪，声称自己通过铸币而供养荆州军，还详细介绍了铸币的技术细节和管理环节。最后还声称，如果朝廷能铸币，定然达到民不加税、军饷自足的局面，极力蛊惑朱由检和朝廷诸臣铸币。

除了上奏章自辩以外，林纯鸿还准备玩一个大的，彻底堵上官僚士绅的嘴巴：按时按量尽快缴纳田赋秋税。

在未进行土地赎买之前，荆州、荆门和夷陵等地缴纳田赋的土地不过二百多万亩，一年正税不超过二十万两白银。而林纯鸿身无功名、爵位，无免税之特权，现在归于其名下的一千多万亩土地就必须缴纳正税，仅仅缴纳秋税就超过五十万两。

随着林纯鸿一声令下，二百余名精锐甲士护送着五十多万两白银，乘坐船只，浩浩荡荡往京师而去。

林纯鸿完全可以想象这五十多万两银子抵达户部时，那些攻击正凶猛的官僚士绅是什么表情！

当林纯鸿的自辩奏章抵达京师时，各路人马吵闹正凶，除了刻意保持沉默的温体仁一党、东林党外，朝臣们赤膊上阵，叫嚣着要立即派兵剿灭林纯鸿，还大明一个荡荡乾坤！还大肆制造舆论：大明之所以贼寇难出，责任就在林纯鸿这样居心叵测的武将身上，搞得前线武将人人自危，纷纷痛骂林纯鸿不已。

奏章刚抵达通政司，就被朱由检公开，有些朝臣连奏章都未读完，就把奏章扔到地上，轻蔑地下了判语：“狡辩！”然后继续开骂，大有不除林纯鸿大明将完蛋的气势。

等这些朝臣骂了几天，方才发现，朱由检已经好几天没有再提林纯鸿，而且朝堂的中坚力量温体仁一党、东林一党始终保持沉默。愈战愈勇的朝臣气愤不已，更加疯狂地上奏章，而且隐隐将矛头指向了温体仁，声称温体仁纵容林纯鸿，方才造成如此弥天大祸。

对这些蚊子嗡嗡声，温体仁一概不理，既不反击，也不辩解。他知道，他的权力基础就是朱由检的信任，朱由检开始沉默，他就更加沉默。他还在等一个机会，再抛出自己的杀手锏。